种子的健康成长是推动剧情发展的关键环节。首先需要获取化石蛋并将其放置在工厂操作台上，使用碾压机压碎后获得种子。这一步骤需要确保工厂电路已用胶布修复，否则无法启动操作台。种子获取后需穿越时间线，在过去时间线中将种子交给少年种植，再返回现在时间线观察成长结果。工厂左侧房间的外星人墙上的绿色点图案是飞船门的随机密码，这个密码与后续进入飞船的步骤直接相关。
种子的培育过程涉及时间机制的巧妙运用。玩家必须先在现在时间线完成化石蛋处理，再通过时间机器回到过去。在过去时间线中，将种子交给特定NPC后，系统会自动完成种植动作。返回现在时间线时，种子已长成参天大树，可直接攀爬进入飞船。这个过程中需要注意保存时间石块的充足数量，至少需要两块才能启动时间机器。飞船二楼需要放入异形块获取红花，同时要破解休眠仓密码与宇航员对话。
种子的最终形态与多个支线任务紧密关联。在神庙区域需要将金色石饼放入一层密室，通过解读岛上石像眼睛方向获取蓝色能量块。这个步骤直接影响飞船最终启动的成功率。实验室外星人墙上的密码需要完整记录，该密码具有随机性但必定对应飞船门的解锁图案。玩家在飞船驾驶室需按照特定顺序调整设置，这个顺序通常与早期获得的乐谱线索DGEGDA相关。
确保种子健康生长的核心在于精确执行时间线操作。过去时间线的种植动作不可逆，若操作失误需重新收集化石蛋。现在时间线中成熟的大树是进入飞船的唯一通道，其生长状态直接决定剧情推进可能性。玩家应注意收集工厂的结构图和时间石块，这些物品在时间穿越和机械操作中起着决定性作用。实验室的绿色药水需要妥善保存，用于复活外星人获取关键组合信息。
整个种子培育机制体现了游戏非线性叙事的精妙设计。从化石蛋处理到时间穿越，每个步骤都需要结合环境线索和物品交互。玩家应当系统记录各类密码和图案，包括漂流瓶内的随机标记、八音盒旋律等。这些分散的线索最终会汇聚到飞船启动阶段，形成完整的解谜链条。种子的健康成长不仅是剧情节点，更是游戏核心机制——时间悖论的具体呈现。
完成种子培育后，玩家将进入游戏终章阶段。需要整合所有收集品：异形块、蓝色能量块、金色石饼等关键物品。飞船驾驶室的密码设置需要对照工厂陈列室线索和笔记本密码，这个步骤要求玩家对前期信息有系统性的整理。种子的成功培育标志着游戏主线任务的收束，也为二周目新增的密室和道具埋下伏笔。整个过程中，保持物品栏的合理管理和线索的及时记录至关重要。
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